Jurusan Teknik Mesin awal menyelenggarakan pendidikan pada tingkat Program Pendidikan Diploma II secara formal pada tanggal 5 Oktober 1987 dengan jumlah mahasiswa 24 orang. Seiring dengan berjalannya waktu maka berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 128/O/1998 pada tanggal 12 Juni 1998, kemudian dilanjutkan dengan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Republik Indonesia No.254/DIKTI/Kep./1998 maka pada tanggal 30 Juli 1998 status Program Pendidikan Diploma II ( D2) menjadi Program Pendidikan Diploma III ( D3), Program Studi Teknik Mesin dengan tiga konsentrasi yaitu Konsentrasi Perawatan dan Perbaikan, Konsentrasi Produksi dan Konsentrasi
Otomotif.
Secara Khusus perkembangan Jurusan Teknik Mesin terus berlanjut, yaitu sejak tahun 2009 atas kerjasama Politeknik Negeri Ambon dengan Nuffic dari Belanda ( 2009 s/d 2014 ), Jurusan Teknik Mesindidanai dan didampingi tenaga ahli dari Fontys University, Politeknik Manufaktur Bandung danUniversitas Gajah Mada untuk merevisi kurikulum yang berbasis kompetensi ( Competensy Based Learning ) dan penguatan/pengembangan jurusan/program studi berupa pengadaan sarana dan prasarana, peningkatan kompetensi Dosen dan PLP, melalui pendidikan non gelar berupa pelatihan sertifikat maupun magang industri. Tahun 2014 s/d 2017 Jurusan Teknik Mesin juga mendapat bantuan dari Asian Development Bank (ADB) melalui Polytechnic Education Development Project (PEDP) untuk penguatan/pengembangan jurusan/program studi berupa pembentukan Tempat Uji Kompetensi (TUK), pembentukan Pusat Unggulan Teknologi ( PUT ), pembentukan Lembaga Sertifikasi Profesi ( LSP ), pengadaan saranadan prasarana, peningkatan kompetensi Dosen dan PLP, melalui pendidikan non gelar berupa pelatihan sertifikat maupun magang industri. Seiring dengan berjalannya waktu dan aturan-aturan yang harus dijalankan maka konsentrasi produksi saat ini sudah dilebur menjadi Program Studi Teknik Mesin, sedangkan dua konsentrasi (Perawatan dan Perbaikan, dan Konsentrasi Otomotif ) sementara dalam pengusulan untuk menjadi Program Studi.

Tahun 2017 Jurusan Teknik Mesin kembali mendapat mendapat bantuan dana dari pemerintah untuk 12 Politeknik di Indonesia dalam bentuk dana Revitalisasi. Bantuan yang diberikan ini selama 3 tahun, dari tahun 2017 s/d 2019, adalah bantuan untuk penguatan program studi (Pengadaan Peralatan Laboratorium, penyesuaian kurikulum dan bahan ajar), peningkatan kompetensi Dosen dan PLPmelalui pendidikan non gelar, Kemitraan Lembaga dan Industri ( Kerja sama industri) dan Peningkatan Kompetensi Lulusan dengan mendirikan LSP dan TUK, dan asesmen kompetensi lulusan.
Untuk menyediakan tenaga kerja yang memiliki kemampuan dan keahlian untuk menjawab
kebutuhan industri khususnya Proyek Migas Blok Masela maka saat ini di Jurusan Teknik Mesin telah dibuka dua program studi baru yaitu Program Studi Diploma Empat (D4) Produksi Migas dan Program Studi Diploma Empat (D4) Teknologi Rekayasa Sistem Mekanikal Migas, sehingga saat ini di Jurusan Teknik Mesin terdapat tiga program studi yaitu Program Studi Diploma Tiga ( D3 ) Teknik Mesin, Program Studi Diploma Empat (D4) Produksi Migas dan Program Studi Diploma Empat (D4) Teknologi Rekayasa Sistem Mekanikal Migas dengan dua konsentrasi yaitu Konsentrasi Perawatan dan Perbaikan, dan Konsentrasi Otomotif. Dalam proses Akreditasi, Program Studi Teknik Mesin telah terakreditasi oleh BAN PT dengan nilai B berdasarkan SK BAN-PTNo : 137/SK/BAN-PT/Akred//Dpl-III/IV/2015 yang berlaku mulai tahun 2015-2020.